สำหรับรถจักรยานยนต์ยามาฮ่า เฟรช มีพื้นฐานของเครื่องยนต์ใกล้เคียงกันกับ ยามาฮ่า เรนโบว์ แต่มีการพัฒนาอุปกรณ์ภายในเครื่องยนต์บางชิ้นขึ้นมาเพื่อประสิทธิภาพและสมรรถนะที่ดียิ่งขึ้น
การปรับแต่งเริ่มจากนำเสื้อสูบไปทำการปาดหน้าเรียบ 0.5 ม.ม. โดยปาดที่หัวเสื้อสูบ เพราะเครื่องยนต์รุ่นนี้หัวลูกสูบจะขึ้นไม่สุดปากกระบอกสูบ โดยมีระยะห่างจากปากบนของเสื้อสูบอยู่ประมาณ 1.5 ม.ม. อัตราส่วนของกำลังอัดจะเพิ่มมากขึ้น พร้อมกับองศาการเปลี่ยนแปลง ฝาสูบเดิมสแตนดาร์ดไม่ต้องปรับแต่ง สำหรับเพลาลูกเบี้ยวใช้ของเดิมสแตาดาร์ดหรือของแต่งก็ได้ถ้าสามารถซื้อหามาได้ แต่ไม่ควรนำของเดิมไปเจียรหรือพอกเนื่องจากจะทำให้ไม่เสถียรและอาจเสียของไปเลยก็ได้ แต่ในที่นี้จะกล่าวถึงในส่วนการปรับแต่งที่ใช้กับเพลาลูกเบี้ยวของเดิม เพราะการปรับเปลี่ยนเพลาลูกเบี้ยวจะทำให้การปรับ-จูน คาร์บูเรเตอร์ มีเหมือนกันแต่ถ้าต้องการแรงบิดและความเร็วที่มากกว่านี้ ก็จัดการนำลูกสูบของคาวาซากิ เชียร์ มาจัดการคว้านเสื้อสูบ ใส่เข้าไปแทนที่ลูกสูบเดิม ถ้าเปลี่ยนลูกสูบชุดนี้เข้าไปก็ไม่ต้องปาดหัวเสื้อสูบออกเพราะกำลังอัดของเครื่องยนต์จะเพิ่มมากขึ้นอยู่แล้ว และจะทำให้ปริมาตรความจุในกระบอกเพิ่มขึ้นเป็น 119 ซี.ซี. จากเครื่องยนต์เดิมที่มีความจุในกระบอกสูบเพียง 101.87 ซี.ซี. และถ้าจะให้ดีควรนำฝาสูบไปทำมุมเทเปอร์ของเบ้าฝาสูบ ให้มีเส้นผ่าศูนย์กลาง เพิ่มขึ้นเป็น 53.5 ม.ม. จากของเดิมอยู่ที่ประมาณ 50.0 ม.ม. แต่ต้องให้ช่างผู้ทำการขยายเทเปอร์ฝาสูบในส่วนนี้ ไม่ให้เนื้อที่ความจุของฝาสูบเพิ่มขึ้นมากเกินความจำเป็น พยายามทำมุมองศาให้นอนราบมากที่สุด เพราะจะทำให้ พื้นที่ถูกขยายออกไปน้อยที่สุด การไม่นำฝาสูบไปทำการแก้ไขก็สามารถทำได้ แต่จะสูญเสียอัตราแรงดันที่จะได้จากการจุดระเบิดไปเล็กน้อย
บริเวณทางเดินของอากาศแรงดัน ของท่อไอดี ปากทางเข้าทำองศาเทเปอร์เล็กน้อยเพื่อให้มีเส้นผ่าศูนย์กลาง เท่ากับท่อไอดีแล้วขัดให้เรียบแต่ต้องระวัง อย่าขยายทางเดินในส่วนของไอดีให้ใหญ่กว่าของเดิมมาก เพราะจะเสียอัตราเร่งไป
บริเวณทางเดินของอากาศแรงดัน ของท่อไอเสียขยายทำมุมเอียงราบออกมาจากด้านในต้องระวังอย่าให้บ่าวาล์วชำรุด ขยายออกจนส่วนปลายมีขนาดเท่าเส้นผ่าศูนย์กลางภายในของประเก็นปากท่อ แล้วทำการเก็บให้เรียบลื่น (ในส่วนนี้มีรายะเอียดกล่าวไว้ในหัวข้อเรื่อง "การปรับแต่งทางเดินอากาศ" ไว้เป็นแนวทางที่สามารถเข้าใจได้อย่างง่าย แม้จะไม่ใช่ช่างมืออาชีพก็สามารถทำได้)
สำหรับเครื่องยนต์รุ่นนี้ใช้ลิ้นวาล์วเพียงตัวเดียว ต้องทำการเสริมสปริงวาล์วของวาล์วไอเสียและวาล์วไอดี เพื่อเสริมแรงกดและแรงดันให้กับวาล์วทำให้ระบบการเปิด-ปิดของวาล์วเป็นเป็นอย่างรวดเร็วยิ่งขึ้น และเพื่อป้องกันอาการวาล์วชะงักในช่วงโอเวอร์แลปของเครื่องยนต์ที่รอบสูงโดยการนำแหวนรอง แบบทองเหลืองที่ใช้การรองกันรั่วซึมของสกูรเบรครถยนต์ เพราะจะมีขนาดพอดีกับความกว้างของสปริง นำสปริงวาล์วตัวนี้ไปเทียบดูขนาดได้ตามร้าน จำหน่ายอุปกรณ์ประเภทนี้ได้เลย ขนาดความหนา 0.5 ม.ม. โดยเสริมข้างละ 1 ตัว
หลังจากทำการประกอบชุดฝาสูบเข้ากับตัวเครื่องยนต์เป็นที่เรียบร้อย ให้ทำการวัดระยะห่างของวาล์ว โดยใช้เครื่องมือที่ใช้ในการวัดระยะห่าง (ฟิลเลอร์ เกจ) ให้ระยะห่างของวาล์วไอดี 0.05 วาล์วไอเสีย 0.04 การตั้งให้ระยะห่างของวาล์วไอเสียชิดกว่าระยะมาตรฐานก็เพื่อปรับเปลี่ยนองศาการเปิด-ปิดของเพลาลูกเบี้ยว (อ่านในส่วนของหัวข้อเรื่อง "เพลาลูกเบี้ยว")
ทำการถอดล้อแม่เหล็กออกมาตัดแถบคัตเตอร์นับจังหวะ การจุดระเบิด ออกไปจากเดิม ซึ่งความยาวของแถบเดิมประมาณ 51 ม.ม. ให้ตัดออกในส่วนของด้านหลังหรือส่วนท้ายสุดของแถบ ถ้าดูตามเข็มนาฬิกา ตัดออกไป 5 ม.ม. การตัดแถบตัวนี้ออกไปก็เพื่อที่จะให้ช่องระยะของการอ่านพลัชเซอร์ที่จะนับจังหวะการหมุนของเครื่องยนต์ เพื่อจะส่งต่อไปให้กับกล่องควบคุมการจุดระเบิด (C.D.I.UNIT) แคบลง เพราะในระบบเครื่องยนต์ 4 จังหวะ การที่กล่องควบคุมการจุดระเบิดมีการสั่งจ่ายไฟเพื่อการจุดระเบิดมีค่าผันแปรมากเกินไป จะมีผลเสียต่ออัตราเร่งและรอบเครื่องยนต์ ถ้าเป็นรถเพื่อการใช้งานแบบครอบครัวที่ไม่ต้องการความเร้วที่จัดจ้านก็จะทำให้ความรู้สึกที่นิ่มนวลดี แต่กับการปรับแต่งความนิ่มนวลตรงนี้ก็เป็นผลเสียเช่นกัน หลังจากที่ทำการตัดแถบส่วนนี้ออกแล้วจะทำให้องศาการจุดระเบิดเพิ่มขึ้นอีกด้วย
ท่อไอเสียถ้าใช้ท่อสูตรก็ควรดูสำนักสูตรท่อโมดิฟายที่มีชื่อเสียงเป็นมาตรฐาน รู้จักกันอย่างแพร่หลายจึงจะทำให้เครื่องยนต์เพิ่มสมรรถนะและประสิทธิภาพ ถ้าเป็นท่อสูตรที่ผ่านการคำนวณมาอย่างไรไม่ดีก็จะมีผลเสียต่อเครื่องยนต์ ควรเลือกซื้อท่อสูตรที่มีคุณภาพดีและได้มาตรฐานมาติดตั้งให้กับเครื่องยนต์ของคุณ ซึ่งท่อสูตรของรถจักรยานยนต์รุ่นนี้ที่ผลิตออกมาจะมีสูตรใกล้เคียงกัน การเลือกซื้อท่อสูตรควรสังเกตที่คอท่อที่ทำออกมาจำหน่าย อย่าให้เล็กเกินไปเพราเครื่องยนต์รุ่นนี้ มีขนาดของลูกสูบค่อนข้างใหญ่ แต่ถ้าใช้ท่อไอเสียเดิมเวลาที่เรียกรอบความเร็วเครื่องยนต์อย่างรวดเร็ว จะมีอาการอั้นและไม่ต่อเนื่อง เพราะแผ่นกั้น 2 ชั้น บริเวณปลายท่อจะดักแรงดันไอเสียไว้ และตีกลับเข้าสู่ห้องเผาไหม้
สำหรับคาร์บูเรเตอร์ในกรณีที่ใช้ของเดิมติดรถโดยไม่ได้ถอดชุดกรองออกไม่ต้องเพิ่มนมหนูน้ำมันให้ใหญ่ขึ้นจากเบอร์เดิม ถ้าต้องการที่จะเปลือยหม้อกรองอากาศ เพื่อความจัดจ้านของเครื่องยนต์ก็ต้อง เพิ่มนมหนูอากาศให้ใหญ่กว่าเดิมหนึ่งเบอร์ ปรับสกรูอากาศ 2 รอบ ถึง 2 ? รอบ และเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและสมรรถนะของเครื่องยนต์ให้ดียิ่งขึ้นไปอีกก็จัดการนำ คาร์บูเรเตอร์ของ ไค-ฮิน รุ่น PE 24 ที่ใส่มากับรถจักรยานยนต์ฮอนด้า แดช แต่ต้องทำการดัดแปลงคอท่อไอดีเพื่อ หลบให้คาร์บูเรเตอร์มาอยู่ด้านข้างเพราะเครื่องยนต์รุ่นนี้มีการออกแบบมาให้คาร์บูเรเตอร์หันปากไปทางด้านหน้าของรถ ถ้าเปลือยหม้อกรองอากาศจะทำให้อากาศทะลักเข้ามาที่ปากคาร์บูเรเตอร์แต่ต้องห่างจากปากคาร์บูเรเตอร์2 นิ้ว เมื่อทำการปิดปากท่อไอดีจนได้องศาก็นำไปอ็อกอาร์กอน ให้สนิทกันเหมือนเดิมแล้วซื้อยางปากคาร์บูเรเตอร์ของซูซูกิ GP 100 หรือ 125 มาดัดแปลงรูยึดติดเข้ากับท่อไอดีจึงจะสามารถใส่คาร์บูเรเตอร์ได้ ถ้าไม่ต้องการดัดแปลงก็ไปหาซื้อท่อไอดีของ คาวาซากิ ทักซิโด มาแก้รูจุดยึดใหม่ให้ยึดเข้ากับปากไอดีที่ฝาสูบได้พอดีก็ใช้ได้เหมือนกัน ทำการขัดแต่งพื้นผิวภายในท่อไอดีให้กว้างขึ้นเล็กน้อยและเก็บให้เรียบ เมื่อติดตั้งเป็นที่เรียบร้อยให้ทำการปรับแต่งโดยใช้นมหนูอากาศเบอร์40 นมหนูน้ำมันเบอร์ 100-105 ขึ้นอยู่กับท่อสูตรที่นำมาใส่ เข็มเร่งสแตนดาร์ดขั้น 3 ปรับสกรูอากาศ 1 ?รอบถึง 2 รอบก็เป็นอันใช้ได้
ส่วนอัตราการทดสเตอร์ให้ใช้สเตอร์หน้าเดิม สำหรับสเตอร์หลังในส่วนนี้ขึ้นอยู่กับผู้ขับขี่แต่ละคนจะใช้ขนาดไหนแต่ที่แน่ ๆ คงต้องลดลงจากเดิมไม่น่าจะมากกว่าสองฟันขึ้นไป